在月经周期內不同时期服用紧急避孕药，可产生三种不同的作用：抑制排卵、干扰受精过程，或阻止受精卵在子宮內着床。
当受精卵在子宮內着床，怀孕便正式开始。因此受精卵一旦成功在子宮內着床，紧急避孕药便不能再产生避孕作用。
服用紧急避孕药后再次发生性行为如无防护性同房仍有妊娠的可能，所以，服用紧急避孕药后又发生性行为，必须使用避孕套或其他阻隔避孕法。
另外，如果前次性生活已有受精卵形成且着床已发生，则服用紧急避孕药后无效。
虽然紧急避孕药在防止非意愿性妊娠的成效很高，但并非百分百奏效。就算使用准确，也有2%的失败率。
若妇女经常以紧急避孕药作避孕用途，怀孕机会会比用其它定期避孕方法为高，这亦是避孕药不能取代定期避孕药物的原因。
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