尽管自《脉经》以来在各种脉学著作中一直在引用古脉学的有关病机的内容，甚至亦提出一些新的内容，但他们对以脉来伺病机的这个问题，却并不自觉，主要的是一直在致力于完成完备以脉象为主列出病证这个单另的系列，并且没有意识到这样对整个辨证的影响。到明清时医学家，尤其是那些深通理论的学者，在这方面不断作出新的成绩，尽管他们不一定知道这是具有脉学和辨证上的方向性的意义。
如李士材曾对代脉提出如下的看法，他说：“代者禅代之义也，如四时之禅代，不愆其期也。结促之止，止无常数，代脉之止，止有常数，结促之止，一止即来，代脉之止，良久方至。《内经》以代脉之见为阳气衰微，脾气脱绝之象也。惟伤寒心悸，怀胎三月，或七情太过，或跌仆重伤及风寒痛家，俱不忌代脉，未可断其必死。”张景岳对此亦提出各人看法说：“代，更代之义，谓于平脉之中，而忽见软弱，或乍数乍疏，或断面复起，均名为代，代本不一，各有深义，如五十动而不一代者，乃至数之代，即根结篇所云者是也。若脉本平均，而忽强忽弱者，乃形体之代，即平气象论所云者是也。又若牌主四季，而随时更代者，乃气候之代，即宦明五气等篇所云者是也。凡脉无定候，更变不常者，均谓之代。但当各因其病而察其情庶得其妙。”这是以对脉的认识和对病的认识作为基础，用具有辩证性质的辨证方法去察其情，得其妙，实际就是涉及到病机而非单纯的以脉与病对号。
日本人丹波元简《脉学辑要》说：“代脉诸说不一，然景岳所论尤为允当矣。《史记》仓公云：不平而代，又云：代者，时参击乍疏乍大也。”张守节《正义》云：“动不定日代。可以确其说矣，盖动而中止，不能自还，因而复动者，乃至数之变更，面仲景、叔和所云者，即代脉中之一端也。若其为止有常数者，似泥于经文焉。”下面他又引了几个医案来进一步说明问题。说：“李士材日：善化令黄桂严，心疼夺食，脉三动一止，良久不能自还。施笠译日：五脏之食不至，法当旦夕死。余云：古人谓痛甚者脉多代，少得代脉者死，老得代脉者生。今桂严春秋高矣。面胸腹负痛，虽有代脉，安足虑乎，果越两旬，面桂严起矣。予家君近治一老人，症块发动，引左肋而痛，痛连不已，药食呕变，其脉紧细而迟，左脉潮数小，遂绝止者，二三十动许，覆手诊之亦然，又渐渐觅出如故，良久又绝止如前。用附予建中汤加吴茱黄，视疗十余日，痛全愈而脉复常。是代最甚者，正见李氏之言信然矣。”又按《伤寒论》不可下篇云：“伤寒脉朝阳俱紧，恶寒发热，则脉数厥，厥者脉初来大，渐渐小，更来新渐大，是其候也。又王海藏《阴证略例》云：秦二好服天生茶及冷物，积而痼寒，脉非浮非沉，上下内外，举按极有力，坚而不柔，触指突出肤表，往来不可以荃数名，纵渐不可以巨细状，此阴证，鼓击脉也。一身游行之火，萃于胸中，寒气逼之，搏大有力，与真武、四逆等药，佐以芍药、茴香酒渐丸，使不僭上，每百丸昼夜相接，八九服，凡至半斤，作汗面愈，亦有罕有。以上据景岳言皆代之属也。故举拟于此。”这样软将代脉在临床-涉及病机的问题数了论述和分析、来人著作中固然亦有如崔氏《脉诀》的：“霍乱之候，脉代勿讶。”的话，但语焉不详，李言闻的删补《四言举要》多了“伤寒心悸，女胎三月”等，这些都是对应性质的，不是对病机的分析认识。又如明清人论数脉，如汪石山说：“大凡病见数脉，多难治疗，病久脉数，尤非所宜。”徐春甫说：“沉数有力，虚劳为恶，余病初逢，多宜补药，病退数存，未足为乐，教遣证危，真元以脱，数按不鼓，虚寒相搏，微数禁灸，洪数为火，数候多凶，匀健犹可。”张介宾说：“五至六至以上，凡急疾紧促之属，皆其类也。为寒热、为虚劳、为外邪。为痈疡、滑数、洪数者多热，涩数细数者多寒，暴数者多外邪，久数者必虚损。数脉有阴有阳，今后世相传，皆以数为热脉，及详考《内经》，则但日：语急者多寒，缓者多热，滑者阳气盛微有热，粗大者，阴不足，阳有余为热中也。曰：缓面滑者日热中，舍此之外，则无以数言热者。而迟冷数热之说，乃自《难经》始，云：数则为热，迟则为寒，今举世所宗，皆此说也。不知数热之说，大有谬误，何以见之，盖自余历验以来，凡见内热伏火等证，脉反不数，而惟洪滑有力、，如经文所言者是也。”数脉不但可以主虚，亦可以见于阴虚并可以见于阳虚，如萧万舆说：“数按不鼓，则为虚寒相搏之脉，数大而虚，则为精血消竭之脉，细疾如数，阴躁似阳之候也，沉弦细数，虚劳垂死之期也，盖数本属热，而真胡亏损之脉，亦必急数，然愈数则愈虚，愈虚则愈数，此而一差，生死反掌。”
从脉证两方面分析阴虚阳虚的病机，而数脉主虚之理法益明。又如吴又可据病案论涩脉说：“张昆源之室年六旬，得滞下后重窘急，日三四十度，脉常歇止，诸医以为雀啄脉必死之候，咸不用药，延予诊视，其脉参伍不调，或二动一止，或三动一止而后来，此涩脉也。年高血弱，下利脓血，六脉结涩固非所能任，询其饮食不减，形色不变，声言烈烈，言语如常，非危证也。
遂用芍药汤加大黄三钱，大下纯脓成块者两碗许，脉气渐续，而利亦止。数年后又得伤风咳嗽痰涎涌甚，又诊之，得前脉，与杏桔汤二剂，嗽止脉调。凡病善作此脉，大抵治病务以形色脉证参考，庶不失其大段，方可定其吉凶也。”吴氏所诊的脉是结脉不是涩脉，因为涩脉主要指标是不流利，涩滞感，它可以兼有不整但不是绝对的。吴氏描述脉象只是节律的不齐没有涩滞不流利，故尔既说：“此涩脉也。”又说：“六脉结涩。”其实就是结脉。但吴氏以脉论病机的论辨却是可取的。“大抵治病务以形色脉证参考庶不失其大段，方可定其凶吉”就是将整个辨证做为一个系列，不能证归证脉归脉而成为两个系列，在此吴氏提出了这个辨病机的方向和原则。对于浮沉二脉何梦瑶曾谓：“浮沉有得于禀赋者，趾高气扬之辈脉多浮，镇静沉潜之士脉多沉也。有变形于时令者，春夏气升而脉浮，秋冬气降而脉沉也，其因病而致者，则病在上、在表、在府者，其脉浮；在下、在里，在脏者，其脉沉也。”联系到生理、病理和病机，又如张璐论迟脉说：“迟脉者，呼吸定息，不及四至，而举按皆迟，迟为阳气失职，胸中大气不能敷布之象，故昔人咸以隶之虚寒，浮迟为表寒，沉迟为里寒，迟涩为血病，迟滑为气病，此论面是，然多有热邪内结，寒气外郁，而见气口迟滑作胀者，讵可以脉迟概谓之寒，而不究其滑涩之象，虚实之异哉？详仲景有阳明病脉迟微恶寒而汗出多者，为表未解。脉迟头眩腹满者，不可下。有阳明病，脉迟有力，汗出不恶寒，身重喘满，潮热便鞭，手足澉然汗出者，为外欲解，可攻其理。又太阳病脉浮，因误下而变迟，腹内拒痛者，为结胸。若此皆热邪内结之明验也。”
程应旄《伤寒论后条辨》说：“迟脉亦有邪热郁结，腹满胃实，阻传经隧面成者，又不可不知。”丹波元简说：“今验有症瘕痃气，壅遏隧道，而见迟脉者，是杂病亦不可以迟概而为寒也。”又如实脉，张璐说：“消瘅、鼓胀、坚积等病，皆以脉迟为可治，若泄而脱血，及新产骤虚，久病虚赢而得实大之脉，良不易治也。”又如短脉，张璐说：“尺寸俱短而不及本位，不似小脉之三部皆小弱不振，伏脉之一部独伏匿不前也。经云：短则气病，良由胃气既塞不能倏畅百脉，或因痰气食积阻碍气道，所以脉见短俱涩结之状。亦有阳气不通而脉短者，经谓：寸口脉中手短者，日头痛是也。仲景云：汗多重发汗，亡阳谵语，脉短者死，脉自和者不死。戴同父云：短脉只当责之于尺寸，若关中见短，是上不通寸为阳绝，下不通尺为阴绝矣。可知关部从无见短之理。昔人有以六部分隶而言者（李士材辈是），殊失短脉之义。”都属于脉辨病机的性质。
关于弦脉，张璐说：“弦为六贼之首，最为诸经作病，故伤寒坏证，弦脉居多，虚劳内伤，弦常过半。总由中气少权，土败木贼所致。但以弦少弦多以证胃气之强弱、弦实、弦虚以证邪气之虚实。浮弦沉弦以证表里之阴阳，寸弦尺弦以证病气之升沉。
无论所患何证，兼见何脉，但和缓有神，不乏胃气咸为可治，若弦而劲细，如循刀刃；弦而强直，如新张弓弦，如循长竿，如按横格，此皆弦无胃气，不可治也。又伤寒以尺寸俱弦，为少阳病。如弦而兼浮，兼细为少阳之本脉，弦而兼数兼缓，即有人府传阴之两途，若弦而兼之以沉、涩、微弱得不谓之阴乎？又伤寒脉曾对浮沉迟数等脉所主病机之常变做过筒当之分析说：“据脉法所言，凡浮为在表，沉为在里，数为多热，迟为多寒，弦绝为实，微细为虚。是固然矣。然疑似中，尤有真辨，此其关系非小，不可不察也。而凡阴虚血弱，中气亏损者，必浮而无力，是浮不可以概言表。沉虽属里而凡表邪初感之深者，寒束皮毛，脉不能达，亦必沉紧，是沉不可以概言里。数为热，而真热未必数，凡虚损之证，阴阳俱困，气血张皇，虚甚者数必甚，是数不可以概言热。迟虽为寒，风伤寒初退，余热未清，脉多迟滑，是迟不可以概言寒。弦强类实，而真阴胃气太亏，及阴阳关格等证，脉必豁大而强健，是强不可以概言实，微细类虚，而凡痛极气闭，营卫壅滞不通者，脉必伏匿，是伏不可以概言虚，由此推之，则不止是也。凡诸脉中皆有疑似，皆有真伪，诊能及此，其必得鸢鱼之学者乎？”所谓浮表沉里等之“是固然矣”是常，具体的说还只是在脉的角度上的常，至于变，尤其是结合病理以得其病机之变就远非脉法之常所能限制，否则如张氏所云种种误解会是很多的，“鸢飞鱼跃”之妙，亦就是指病机而言。
张氏又通过虚实等条件对脉象在病机方面的意义做了原则性的概括，说：“脉者血气之神，邪正之鉴也。有诸中必形诸外，故血气盛者脉必盛，血气衰者脉必衰，无病者脉必正，有病者脉必乖。矧人之疾病，无过表里寒热虚实，只此六字，业已尽之。然六者之中，又以虚实二字为最要。盖凡以表证、里证、寒证、热证无不皆有虚实。既能知表里寒热，而要能以虚实二字决之，则千病万病可以一贯矣。且治病之法，无逾攻补，用攻用补，无逾虚实，欲察虚实，无逾脉息，虽脉有二十四名，主病各异，然一脉能兼诸病，一病亦能兼诸脉，其中隐微，大有玄秘，正以诸脉中，亦皆虚实之变耳。言脉至此，有神存矣，倘不知要而泛焉求迹，则毫厘千里，必多迷误。故予特表此义，有如洪涛巨浪中，则在乎牢执柁千，而病值危难处，则在乎专辨虚实，虚实得真，则标本阴阳，万无一失。其或脉有疑似又必兼证兼理，以察其孰客孰主，孰缓孰急，能知本末先后，是即神之至也矣。”所谓玄妙，所谓神就是指病机而言，其实不是甚么虚无飘渺不可知的东西，因为病机的性质是机动灵活的，往往与常规常法截然不同，但它却更符合医理脉法的法则，所谓“神无方面易无体”，亦就是说神是变动不居的，具体到事物的过程就是机，“机流”才能“神畅”事物本身有常有变，对待事物亦要有常有变。张氏以虚实概括一切虽未必尽属合理，但他通过虚实所论述的原则，却对抉发病机的性质和方法很有意义。可以看出这个时期的理论家和临床家都在继承《内经》仲景向脉辨病机方面努力，并且有若干新说和创见。
后来同学海著《脉义简摩》，其中主病方面有“郭元峰二十八脉集说”。周氏于前作小序说：“郭氏著《脉如》专辨疑似之脉，议论明畅，启发后学非浅，其文皆裒辑士材《正眼》景岳《脉神》及诸家脉书而成，而采之张石顽《诊宗三昧》著尤多，士材详于形状，景岳详于主病，石顽详于义理，而石顽深远矣。”这几人于病机都有一定的贡献，所谓石顽详于义理则涉及病机的内容更多，亦更较深切。在这里就不一一具引了。另外，其他著作中涉及这方面的论述，亦不例举。
明清时期对脉辩病机方面无疑是做出了新的成绩，得到了新进展的。但他们尚不够自觉，如知道引据《内经》、仲景，但认识不到从《脉经》起，脉诊自成系列对病机辨析的影响，对他们自己的成就还认识不到就是辨证论治方法的继承发展，而有时自矜玄妙（如张景岳等），以及还设有对这方面的成就概括出其规律指明其方向等等，但他们的工作成绩应当说是很有意义的，除了内容对理论临床尤其是病机有所贡献外，客观上亦是对《脉经》以来的脉学停滞状态的不满足和一种挑战，这对于脉学的发展作出了启示性质的工作，为使脉学通过病机的研究能够达到一种新的历史高度打下基础。
